Der Begriff Toleranzloge faßt die gleichberechtigte Mitgliedschaft von Freimaurern christlichen und jüdischen Glaubens zu einer Zeit, als die preußische Freimaurerei auf das positive Bekenntnis zu einer der christlichen (Haupt-)Konfessionen pochte. Sie stand damit im
Widerspruch zu der ursprünglichen freimaurerischen Maxime konfessioneller Neutralität. Die Toleranzloge hingegen knüpfte an die Alten Pflichten von 1723 an.

Die Toleranzloge publizierte 1790 ihr Programm, das humanistische und kosmopolitische Bekenntnis zur Loge der Toleranz. Es ist ein Dokument der Berliner Aufklärung. Die klare Gedankenführung spricht für eine Autorschaft des Lessing-Verehrers Markus Herz.
Das Bekenntnis definiert die Freimaurerei als „Verbindungsmittel aller Künste, Wissenschaften, Stände, Religionen, Systeme und Regierungsformen“. Der Zweck und der Versammlungskreis seien das ganze Menschengeschlecht. Das freimaurerische Geheimnis bestehe in dem „Verbinden alles Wissens und Denkens der verschiedenen Menschen“, das „nur durch die vereinigten Kräfte einer stets tätigen Gesellschaft bewirkt werden“ könne. Wesentliche Eigenschaften des wirklichen Freimaurers seien „gerader Sinn und gerades Herz“; „um richtig wahrzunehmen“ und „unparteiisch zu handeln“.